Na carteira de projetos da Fundação, seja como executora ou como participante, estão iniciativas como o Projeto Peixe-Boi-Marinho; o Projeto de Monitoramento de Praias (AL, SE e BA); o Projeto Biodiversidade Marinha (Biomar); a Eco-Oficina Peixe-Boi & Cia; e o Estudo da presença e potenciais efeitos patológicos de contaminantes nos peixes-bois marinhos. Também outras importantes ações já foram desenvolvidas, a exemplo do Projeto Recifes Costeiros e do Projeto Peixe-Boi Amazônico.

A Fundação também entende que para a efetivação de suas ações é importante trabalhar no campo estratégico das articulações institucionais e das políticas públicas para a conservação. Neste sentido, atualmente a FMA é membro de cinco fóruns ambientais: o Conselho Estadual de Meio Ambiente de Pernambuco (Consema), o Conselho Gestor da APA da Barra de Mamanguape, o Conselho Consultivo da APA Costa dos Corais, o Fórum Estadual de Mudanças Climáticas (PE) e a Rede de Encalhe de Mamíferos Aquáticos do Nordeste (Remane).