A FMA faz parte da Rede Biomar, que é uma estratégia integrada para a conservação marinha no Brasil, agregando instituições que estão à frente de grandes projetos patrocinados pela Petrobras, como o Projeto Peixe-Boi, o Projeto Tamar, o Projeto Golfinho Rotador, o Projeto Baleia Jubarte e o Projeto Baleia Franca. O Grupo Biomar (conjunto das organizações) atua em rede em prol da conservação da biodiversidade marinha no Brasil com ações de proteção e pesquisa de espécies e dos habitats relacionados, a partir da articulação e parceria entre a sociedade civil, governo e setor produtivo.