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Ao longo dos 21 anos de atuação da Fundação, podem ser destacados como alguns dos principais resultados:

• Desenvolvimento de tecnologias e técnicas inovadoras para a conservação, pesquisa e manejo dos mamíferos aquáticos.
• Conhecimento científico sobre o peixe-boi a serviço da conservação.
• Capacitação de profissionais especializados, através de estágios e atuação profissional.
  
• Conscientização e sensibilização das comunidades litorâneas, com crescente envolvimento e conhecimento sobre os peixes-bois.
• Desenvolvimento de comunidades locais em áreas de atuação dos projetos, inclusive com ações de geração de renda.
• Valorização social e turística dos peixes-bois, com difusão de informações e imagem carismática do animal, e sensibilização para a conservação, com gradativa redução da caça.
• Contribuições efetivas no processo de criação e manejo de Unidades de Conservação federais, como as APAs da Costa dos Corais (AL-PE), da Barra de Mamanguape (PB) e do Delta do Parnaíba (PI-MA).
• Criação, junto com outras organizações, da REMANE (Rede de Encalhes de Mamíferos Aquáticos do Norteste).
• Desenvolvimento e apoio a pesquisas científicas, com cerca de 90 trabalhos científicos publicados com a participação de integrantes da Fundação.
• Contribuição efetiva para as seguintes publicações em livros, que são algumas das referências para a área de mamíferos aquáticos: “Projeto Peixe-Boi - a história da conservação de um mamífero brasileiro”, “Protocolo de Conduta para Encalhes de Mamíferos Aquáticos da REMANE”, “Atlântico Sul: Um Santuário de Baleias” e  “Protocolo de Reintrodução de Peixe-Boi-Marinho”.